Dalam rangka meningkatkan daya guna dan hasil guna, zakat harus dikelola secara melembaga dan profesional sesuai dengan syariat Islam yang dilandasi dengan prinsip amanah, kemanfaatan, keadilan, kepastian hukum, terintegrasi, dan akuntabilitas, sehingga dapat meningkatkan efektivitas dan efisiensi pelayanan dalam pengelolaan zakat. Dalam upaya melaksanakan pengelolaan zakat yang melembaga dan profesional diperlukan suatu lembaga yang secara organisatoris
kuat dan kredibel. Untuk itu dibentuk Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS) yang secara kelembagaan mempunyai kewenangan untuk melakukan pengumpulan, pendistribusian, dan pendayagunaan zakat secara nasional. BAZNAS yang merupakan lembaga pemerintah nonstruktural bersifat mandiri dan bertanggung jawab kepada Presiden melalui Menteri.

Dengan pertimbangan luasnya jangkauan dan tersebarnya umat muslim di seluruh wilayah Indonesia serta besarnya tugas dan tanggung jawab BAZNAS dalam mengelola zakat, maka dalam pelaksanaannya dibentuk BAZNAS provinsi dan BAZNAS kabupaten/kota. BAZNAS provinsi dan BAZNAS kabupaten/kota ini bertugas dan bertanggung jawab dalam pengelolaan zakat di wilayah provinsi dan kabupaten/kota masing-masing.

Untuk membantu pengumpulan zakat, BAZNAS sesuai dengan tingkat dan kedudukannya dapat membentuk Unit Pengumpul Zakat (UPZ) pada lembaga negara, kementerian/lembaga pemerintah non kementerian, badan usaha milik negara, perusahaan swasta nasional dan asing, perwakilan Republik Indonesia di luar negeri, kantor-kantor perwakilan negara asing/lembaga asing, dan masjid-masjid. Selain itu, dalam pelaksanaan pengelolaan zakat masyarakat juga dapat membantu BAZNAS untuk melakukan pengumpulan, pendistribusian, dan pendayagunaan zakat dengan membentuk LAZ. Sesuai putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 86/PUU-X/2012 tanggal 31 Oktober 2013 perihal pengujian Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2011 tentang Pengelolaan Zakat, pembentukan LAZ oleh masyarakat dapat
dilakukan oleh organisasi kemasyarakatan Islam yang mengelola bidang pendidikan, dakwah, dan sosial, atau lembaga berbadan hukum setelah memenuhi persyaratan yang diatur dalam ketentuan peraturan perundang-undangan dan mendapat izin Menteri atau pejabat yang ditunjuk oleh Menteri. Sedangkan untuk perkumpulan orang, perseorangan, tokoh umat Islam (alim ulama), atau pengurus/takmir masjid/musholla di suatu komunitas dan wilayah yang belum terjangkau oleh BAZ dan LAZ, dapat melakukan kegiatan pengelolaan zakat dengan memberitahukan secara tertulis kepada pejabat yang berwenang.